[motobest]

Контроллер - это компьютер.
Мы все знаем, что компьютер нужно выключать правильно.
Вытаскиванием шнура из сети его нельзя выключать, а только программно.
Если компьютер выключен, то вилку в розетку можно тыкать, сколь угодно много и долго.

Отсюда вывод.
katran - прав. Слететь мозги от снятия клемм не должны.
Но есть одно важное условие - при снятии клеммы контроллер ДОЛЖЕН быть отключен, т.е. должно быть выключено зажигание.
Кстати, это условие записано в Руководстве по эксплуатации.