У него, как у любого человека такого полета (отрицать, что он высоко вращался глупо) много врагов. Могли и завалить, в местечковом разборе.
http://lenta.ru/articles/2015/02/28/nemtzov/
Головная боль
Между тем известно, что Немцов в качестве депутата Ярославской областной думы стал серьезной головной болью для региональных властей, привыкших жить в тиши и покое. В июле 2014 года добровольно подал в отставку Александр Сенин, заместитель губернатора Ярославской области, курирующий вопросы здравоохранения. Его отставке предшествовал скандал, связанный с антикоррупционным разбирательством, инициированным месяцем ранее по заявлению депутата Бориса Немцова. Осенью того же года Борис Немцов поднял вопрос о тесной взаимосвязи регионального департамента здравоохранения с фирмой, принадлежащей дочери губернатора Сергея Ястребова Елене.
В декабре 2014 года проект «Муниципальный сканер» якобы обнаружил у губернатора Ярославской области Сергея Ястребова незадекларированную усадьбу в деревне Мужево, оцененную от 15 до 23 миллионов рублей. Одним из авторов скандального расследования, потребовавшим немедленно уволить Ястребова, был Борис Немцов."
И таких вот не очевидных мотивов много.