У синтетики масляная плёнка тоньше, чем у минералки.
Думаю с этим спорить никто не будет.
Если долго эксплуатировать КПП на минералке выработка зазоров между зубьями шестерён, обоймами подшипников будет больше, чем на синтетике. Если залить потом синтетику, у которой плёнка тоньше, то шум возможен.