Есть ли в них какие то преимущественные разницы, кроме размеров багажника?
Конечно есть - универсал красивее.
А если серьезно, странный вопрос. На него можешь только ты сам ответить, потому что выбор кузова - сугубо личное решение. Мы ведь не знаем для чего тебе машина нужна, как ты её будешь преимущественно использовать.
Конечно есть - универсал красивее. 
Древовидный вид