безусловно можно и не только однократно, про SPI, программатором, хоть "зашейтесь", при отсутствии UART совсем.
Вам и бутлоадер не надо будет шить, сразу программу.
Ой я видимо не так выразился к Rx/Tx ATmega один раз "зацепился" залил программу и всё, ЗУ стало функционально законченным устройством, более там"шить" ни чего не надо, так ?