Когда стоишь на нейтралке на холостых с выжатым сцеплением - в коробке никаких движений. Когда сцепление отпущено - крутится первичный вал (2 подшипника качения), он крутит шестерни всех передач на промежуточном валу (еще 5 подшипников скольжения или игольчатых если коробка переделана на 08). Масло перемешивается. Так же тихо как с выжатым сцеплением тут не получится, тихое металлическое шуршание - это нормально. Если шуршание становится громким, то скорее всего виной передний подшипник первичного вала (тот, что разборный).
Древовидный вид