Ну в общем была аналогичная ситуация: с кнопки из салона и с брелка не открывался багажник (машина седан), только ключом. Решение оказалось простое: в багажнике около его левой петли есть типа жгута проводов (у меня с завода замотан черной изолентой) так вот в нем был пробит провод. Разрезал, сделал скрутку и все заработало. Повидимому этот провод был перебит самой петлей багажника
Древовидный вид