В полу заглушки надо на герметик сажать. И вообще все дыры в полу заделывать
Если уж сняли покрытие с пола, то лучше сразу шви пола сделать, виброй весь пол закатать вместе с заглушками и дырами. И тихо, и не дует, и пол гнить не будет, если вода под ковёр попадет. В шви пола самое трудоёмкое - это разборка и сборка.